เป็นองค์กลาง ส่วนองค์ใหญ่คือองค์เดิมที่เลิกใช้มาแต่ในรัชกาลที่ ๔ พระราชลัญจกรมหาโองการลางทีก็เรียกว่า "มหาอุณาโลม" เพราะเปลี่ยนตาที่ ๓ ของพระอิศวรให้เป็นขนหว่างคิ้วของพระพุทธเจ้า (อุณาโลม) เป็นชื่อทีหลัง เรียกตามที่เปลี่ยน (พระราชลัญจกรมหาโองการองค์กลางยังใช้อยู่ กรมเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเป็นผู้รักษา อนึ่ง เมื่อมีพระราชลัญจกรมหาโองการองค์ใหญ่และองค์กลาง ก็น่าจะมีองค์น้อยหรือองค์เล็กด้วย แต่ไม่ปรากฏมี)
พระราชลัญจกรองค์นี้เดิมเป็นพระราชลัญจกรประจำชาดและประจำครั่ง ว่าสำหรับผนึกพระราชสาส์นและหนังสือสัญญานานาประเทศ (ดู พระราชบัญญัติพระราชลัญจกร รัตนโกสินทรศก ๑๒๒ คำปรารภ ข้อ ๑) ในรัชกาลที่ ๕ โปรดให้สร้างพระราชลัญจกรพระครุฑพาหประจำชาดขึ้นองค์หนึ่ง (คราวเดียวกันกับที่ทรงสร้างพระราชลัญจกรมหาโองการองค์กลาง) พระราชลัญจกรพระครุฑพาหองค์นี้ สมเด็จเจ้าฟ้ากรมพระยานริศรานุวัดติวงศ์ทรงเขียนทูลเกล้าฯ ถวายตามพระบรมราชโองการ เรียกกันว่า พระครุฑพาหองค์กลาง (ดู รูปที่ ๓) สำหรับใช้ประทับเป็นตราอย่างเดียวกับพระราชลัญจกรมหาโองการ แต่ประทับเบื้องขวาพระราชลัญจกรไอราพต (ดู พระราชบัญญัติพระราชลัญจกร รัตนโกสินทรศก ๑๒๒ มาตรา ๒) พระราชลัญจกรพระครุฑพาหประจำชาดองค์ใหญ่เป็นรูป
